В 1884 году в селе
Пышкино-Троицком Новокусковской волости было открыто одноклассное начальное
училище Министерства Внутренних дел. В 1916 году в нем обучалось 15
мальчиков и 16 девочек – дети крестьян, охотников, рыбаков. В школе учили
читать, писать, изучали грамматику, арифметику, а также Закон Божий, ученики
воспитывались в духе христианского смирения и терпения. Постепенно школа
из одноклассного училища преобразовалась в трехклассное.
В 1929 году в связи с образованием Зачулымского района начальная школа стала семилетней, а в 1939 году, когда был создан Пышкино-Троицкий район, школа была реорганизована в среднюю. Первым директором был Иван Степанович Анчарук, геройски погибший в 1941 году в Западной Украине.
Своих первых десятиклассников школа выпустила в 1944 году. Он состоял только из 10 девушек.
За многие годы своего существования школа сменила несколько зданий.
Здание, в котором располагается школа сегодня – трехэтажное, кирпичное , поострено в 1974 году, с 1987 года начальные классы располагаются в отдельном двухэтажном кирпичном здании бывшего интерната.